Сравнение реализаций силового поля - Comparison of force-field implementations

Это таблица известных компьютерных программ, реализующих молекулярная механика силовые поля.

ПрограммаOPLSЯНТАРЬОчарованиеГАФФMMFFQVBMMUFFКомментарии
Морское ушкоUA94, 96, 99SB, 03, GS, ii, Автоматический генератор FF[1]НетНетНетНетUFF-Дрейдинг -подобное полеЗа белки, ДНК, лиганды
ЯНТАРЬдадаЧерез камера инструмент с v11даНетНетНет
Аскалаф ДизайнерUA94, 99СБ, 03НетНетНетНетНет
АвогадроНетНетНетда94, 94сНетда
Воздушный шарНетНетНетНет94НетНетMMFF94-подобный
БОССдаНетНетНетНетНетНет
ОчарованиеДа*Да*Да*Через CHARMM-GUI[2]Полный MMFF94, но, по слухам, код не поддерживаетсяНетНет* в стандартной поставке
ГабедитНетдаНетдадаНетНет
Гауссовский мм полезностьНетдаНетНетНетНетдаДрейдинг поле доступно
GROMACSдаДа*Да*даНетНетНет* в стандартном дистрибутиве с v4.5.0
МЧСAA89, 94, 99, также с расширенной теорией Хюккеля22, 27Нет94 (т)НетНет
NAMDдадададаНетНетНет
QдададаНетНетНетНетЗа биополимеры
ТинкерUA, AA, AA / L94, 96, 98, 9919, 27НетНетНетНетЗа белки, Органические молекулы
TowheeUA, AA8619, 22, 27Нет94НетдаМонте-Карло
ЯсараНет94, 96, 99, 03НетНетНетНетНетПлюс настраиваемые поля для уточнения найма

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Автоматический генератор силового поля
  2. ^ CHARMM-GUI