Водные - Aquificae

В Водные филюм представляет собой разнообразный набор бактерий, обитающих в суровых условиях окружающей среды.^[1][2] Название «Aquificae» было дано этому типу на основании раннего рода, идентифицированного в этой группе, Aquifex («Производитель воды»), который способен производить воду путем окисления водорода.^[3] Их находили в источниках, бассейнах и океанах. Они есть автотрофы, и являются основными фиксаторами углерода в своей среде. Эти бактерии Грамотрицательный, неспорообразующий стержни.^[4] Это настоящие бактерии (домен Бактерии ) в отличие от других обитателей экстремальных сред, Археи.

Таксономия

Aquificae в настоящее время насчитывает 15 родов и 42 официально опубликованных вида.^[5] Тип состоит из одного класса и двух порядков.^[6][7] Aquificales состоит из семей Aquificaceae и Hydrogenothermaceae, в то время как Десульфуробактерии являются единственным семейством Desulfobacteriales. Thermosulfidibacter takaii не отнесен к семейству внутри филюма на основании его филогенетической отличимости от обоих отрядов.^[8] В настоящее время он классифицируется как член Aquificales, но имеет большее физиологическое сходство с Desulfobacteriaceae.

Молекулярные подписи и филогенетическое положение

Сравнительные геномные исследования выявили несколько сохраненные индели подписи (CSI), которые специфичны для всех видов, принадлежащих к типу Aquificae, и предоставляют потенциальные молекулярные маркеры.^[7] Отряд Aquificales можно отличить от Desulfobacteriales по нескольким CSI для разных белков, специфичных для каждой группы. Дополнительные CSI были обнаружены на семейном уровне и могут использоваться для разграничения Aquificae и Hydrogenothermaceae от всех других бактерий.^[7] Параллельно с наблюдаемым распределением CSI отряды в пределах Aquificae также физиологически отличаются друг от друга. Члены Desulfurobacteriales строгие анаэробы которые окисляют исключительно водород для получения энергии, в то время как принадлежащие к Aquificales микроаэрофильный и способны окислять другие соединения (такие как сера или тиосульфат) в дополнение к водороду.^[9][10][11]

Было также идентифицировано несколько CSI, которые специфичны для видов из Aquificae и предоставляют потенциальные молекулярные маркеры для этого типа.^[1] Кроме того, вставка из 51 аминокислоты была идентифицирована в препротеин-транслоказе SecA, которая является общей для различных представителей Aquificae, а также двух Thermotoga разновидность. В деревьях генов 16S рРНК виды Aquificae ветвятся в непосредственной близости от филума. Термотоги (другой тип, включающий гипертермофильный организмов) близко к точке ветвления архей и бактерий.^[12][10] Однако тесная связь Aquificae с Thermotogae и глубокое разветвление Aquificae не подтверждается некоторыми филогенетическими исследованиями, основанными на других последовательностях генов / белков.^{[13][14][15][16]} а также CSI в нескольких высококонсервативных универсальных белках.^[17] Таким образом, наличие вставки в Thermotoga виды могут быть связаны с горизонтальный перенос генов.^[1] Глубокое ветвление видов Aquificae в дереве генов рРНК было приписано артефакту, возникающему в результате очень высокого содержания G + C в их оперонах 16S-23S-5S.^[17] В отличие от очень высокого содержания G + C в их рРНК (т.е. более 62%), которое требуется для стабильности их вторичных структур при высоких температурах роста,^[18] вывод о том, что Aquificae не представляет собой клон с глубокими ветвями, также независимо строго подтверждается CSI в ряде важных белков (а именно, Hsp70, Hsp60, RpoB, RpoB и AlaRS), которые поддерживают его размещение в непосредственной близости от типа Протеобактерии, особенно Эпсилонпротеобактерии.^[17] Специфическая связь Aquificae с Proteobacteria поддерживается двухкомпонентным CSI в белке. неорганическая пирофосфатаза, который уникально встречается у видов из этих двух типов.^[17] Кавалер-Смит также предположил, что Aquificae тесно связаны с Proteobacteria.^[19] В отличие от процитированных выше анализов, которые основаны на нескольких индексах или на отдельных генах, анализы информационных генов, которые, по-видимому, реже передавались в Aquifex по происхождению, чем неинформационные гены, чаще всего Aquificales ставили ближе к Thermotogales.^[20] Эти авторы объясняют часто наблюдаемое группирование Aquificae с эпсилонпротеобактериями результатом частого горизонтальный перенос генов за счет общих экологических ниш.

Наряду с Thermotogae, Aquificae являются теплолюбивый эубактерии.^[2]

Филогения

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) ^[5] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI)^[21]а филогения основана на высвобождении 123 LTP на основе 16S рРНК Проект "Живое дерево всех видов" ^[22][23]

Примечание:
♠ Штамм обнаружен на Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), но не указаны в Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN)

Таксономия

• Род Термосульфидибактер Nunoura et al. 2008 г.
  • Разновидность Thermosulfidibacter takaii Nunoura et al. 2008 г.
• Заказ Десульфуробактерии Гупта и Лали 2014
  • Семья Десульфуробактерии L'Haridon et al. 2006 г.
    • Род Бальнеарий Takai et al. 2003 г.
      • Разновидность Бальнеариум литотрофический Takai et al. 2003 г.
    • Род Десульфуробактерии L'Haridon et al. 1998 исправление. L'Haridon et al. 2006 г.
      • Разновидность "D. crinifex " ♠ Alain et al. 2003 г.
      • Разновидность D. atlanticum L'Haridon et al. 2006 г.
      • Разновидность D. pacificum L'Haridon et al. 2006 г.
      • Разновидность D. thermolithotrophum L'Haridon et al. 1998 г. (тип sp.)
    • Род Форцизия Перес-Родригес и др. 2012 г.
      • Разновидность Phorcysia thermohydrogeniphila Перес-Родригес и др. 2012 г.
    • Род Термовибрион Huber et al. 2002 г.
      • Разновидность Т. аммонификанс Vetriani et al. 2004 г.
      • Разновидность Т. guaymasensis L'Haridon et al. 2006 г.
      • Разновидность Т. рубер Huber et al. 2002 г. (тип sp.)
• Заказ Aquificales Reysenbach 2002 исправление. Гупта и Лали 2014
  • Семья Aquificaceae Рейзенбах 2002
    • Род Aquifex Хубер и Стеттер 1992
      • Разновидность A. pyrophilus Хубер и Стеттер 1992 (тип sp.)
      • Разновидность "A. aeolicus " ♠ Хубер и Стеттер 2001
    • Род Hydrogenivirga Накагава и др. 2004 г.
      • Разновидность Х. калдиторрис Накагава и др. 2004 г. (тип sp.)
      • Разновидность Х. okinawensis Nunoura et al. 2008 г.
    • Род Hydrogenobacter Кавасуми и др. 1984
      • Разновидность H. Hydrogenophilus (Крюков и др., 1984) Stöhr et al. 2001 г.
      • Разновидность H. subterraneus Takai et al. 2001 г.
      • Разновидность H. thermophilus Кавасуми и др. 1984 (тип sp.)
    • Род Hydrogenobaculum Stöhr et al. 2001 г.
      • Разновидность Hydrogenobaculum acidophilum (Шима и Сузуки, 1993) Stöhr et al. 2001 г.
    • Род Thermocrinis Huber et al. 1999 г.
      • Разновидность T. albus Эдер и Хубер 2002
      • Разновидность Т. jamiesonii Додсворт и др. 2015 г.
      • Разновидность Т. minervae Huber et al. 1999 г.
      • Разновидность Т. рубер Huber et al. 1999 г. (тип sp.)
  • Семья Hydrogenothermaceae Эдер и Хубер 2003
    • Род Водородотермус Stöhr et al. 2001 г.
      • Разновидность Hydrogenothermus marinus Stöhr et al. 2001 г.
    • Род Персефонелла Götz et al. 2002 г.
      • Разновидность P. Hydrogeniphila Накагава и др. 2003 г.
      • Разновидность П. марина Götz et al. 2002 г. (тип sp.)
      • Разновидность P. guaymasensis Götz et al. 2002 г.
    • Род Sulfurihydrogenibium Takai et al. 2003 исправление. О'Нил и др. 2008 г.
      • Разновидность S. azorense Aguiar et al. 2004 исправление. Накагава и др. 2005 г.
      • Разновидность S. kristjanssonii Флорес и др. 2008 г.
      • Разновидность S. rodmanii О'Нил и др. 2008 г.
      • Разновидность S. subterraneum Takai et al. 2003 исправление. Накагава и др. 2005 г. (тип sp.)
      • Разновидность S. Yellowstonense Накагава и др. 2005 г.
    • Род Venenivibrio Hetzer et al. 2008 г.
      • Разновидность Venenivibrio stagnispumantis Hetzer et al. 2008 г.

Рекомендации