Pseudonocardiaceae - Pseudonocardiaceae

В Pseudonocardiaceae семейство бактерий в порядке Актиномицеты и единственный член подотряда Pseudonocardineae.

Геномика

Виды семейства Pseudonocardiaceae образуют отдельную кладу в филогенетические деревья на основе конкатенированных белковых последовательностей. Кроме того, Накамурелла многораздельная, в настоящее время часть заказа Frankiales, также образуют кладу с видами Pseudonocardiaceae в 100% бутстрап репликации филогенетических деревьев. А сохраненная подпись indel был идентифицирован, который находится в N. multipartite и все виды Pseudonocardiaceae, кроме одного. Эта вставка из одной аминокислоты в Киназа UMP служит для обеспечения молекулярный маркер почти для всех Pseudonocardiaceae и предлагает N. multipartite тесно связан с этой группой. Некоторые данные также предполагают, что отряды Pseudonocardiales и Corynebacteriales тесно связаны. Было идентифицировано несколько консервативных инделей сигнатур, которые обнаруживаются как у Pseudonocardiales, так и у Corynebacteriales, включая вставку из трех аминокислот в консервативную область UDP-галактопираноза мутаза. Эта вставка также присутствует в N. multipartite и Geodermatophilus obscurus, еще один член Frankiales. Кроме того, были идентифицированы пять консервативных сигнатурных белков, которые обнаруживаются только в отрядах Pseudonocardiales и Corynebacterialess. Гомологи белков обычно встречаются в N. multipartite и G. obscurus, что дает дополнительные доказательства того, что эти два вида тесно связаны с отрядами Pseudonocardiales и Corynebacteriales.^[1]

Филогения

Филогения основана на высвобождении 123 LTP на основе 16S рРНК Проект "Все виды живого дерева".^[2]

Таксономия

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре ^[3] и Национальный центр биотехнологической информации ^[4]

• Порядок псевдонокардиальных заболеваний Лабеда и Гудфеллоу 2015 [Pseudonocardineae Stackebrandt et al. 1997 исправление. Лабеда и др. 2011 г.; «Псевдонокардиальные болезни» Лабеда и Гудфеллоу 2012; вкл. Actinopolysporineae]
  • Семья Pseudonocardiaceae Embley et al. 1989 исправление. Лабеда и др. 2011 г. [вкл. Actinopolysporaceae Чжи, Ли и Стакебрандт, 2009 г.]
    • Род »Prauseria " ♠ Чжоу, Уайтхед и Гудфеллоу 1997
    • Род »Сахаротриксопсис " ♠ Ван, Цянь и Лю 1999
    • Род Актиноаллотейхус Тамура и др. 2000 г.
    • Род Актинокриспум Hatano et al. 2016 г.
    • Род Актинокинеоспора Хасегава 1988 исправление. Лабеда и др. 2010 г.
    • Род Актиномицетоспора Jiang et al. 2008 исправление. Zhang et al. 2014 г.
    • Род Actinophytocola Индананда и др. 2010 исправление. Sun et al. 2014 г.
    • Род Актиноректиспора Quadri et al. 2015 г.
    • Род Актиносиннема Хасегава, Лешевалье и Лешевалье 1978
    • Род Аллоактиносиннема Юань и др. 2010 исправление. Nikou et al. 2014 г.
    • Род Аллокуцнерия Лабеда и Кроппенштедт, 2008 г.
    • Род Амиколатопсис Lechevalier et al. 1986 исправление. Tang et al. 2010 г.
    • Род Crossiella Лабеда 2001
    • Род Goodfellowiella Лабеда и др. 2008 г. [Goodfellowia Лабеда и Кроппенштедт 2006 г.]
    • Род Herbihabitans Zhang et al. 2016b
    • Род Haloechinothrix Tang et al. 2010 г.
    • Род Кибделоспорангиум Shearer et al. 1986 г.
    • Род Куцнерия Stackebrandt et al. 1994 исправление. Suriyachadkun et al. 2013
    • Род Лабедея Ли 2012
    • Род Lechevalieria Лабеда и др. 2001 г.
    • Род Ленцея Ясин и др. 1995 исправление. Лабеда и др. 2001 г. ["Азиоспорангий " Runmao et al. 1995 г.]
    • Род Лонгимицелий Xia et al. 2013
    • Род Prauserella Ким и Гудфеллоу 1999 исправляют. Ли и др. 2003 г.
    • Род Псевдонокардия Henssen 1957 исправить. Park et al. 2008 г. [Актинобиспора Jiang et al. 1991 г.; Амиколата Lechevalier et al. 1986 г.; Псевдоамиколата Акимов, Евтушенко и Добрица 1989]
    • Род Saccharomonospora Нономура и Охара 1971
    • Род Сахарополиспора Лейси и Гудфеллоу 1975 исправляют. Korn-Wendisch et al. 1989 г. [Faenia Куруп и Агре 1983]
    • Род Saccharothrix Лабеда и др. 1984 исправление. Лабеда и Лешевалье 1989
    • Род Sciscionella Тиан и др. 2009 г.
    • Род Streptoalloteichus (бывший Tomita et al. 1978) Tomita et al. 1987 исправление. Тамура и др. 2008 г.
    • Род Tamaricihabitans Qin et al. 2015 г.
    • Род Термобиспора Wang et al. 1996 г.
    • Род Термокриспум Korn-Wendisch et al. 1995 г.
    • Род Thermotunica Wu et al. 2014 г.
    • Род Умезавея Лабеда и Кроппенштедт 2007
    • Род Yuhushiella Мао и др. 2011 г.

Примечания:
♠ Штаммы, обнаруженные на Национальный центр биотехнологической информации, но не указаны в Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре

Рекомендации